O seguinte comando desliga o som de beep para a sessão actual do Ubuntu:
sudo rmmod pcspkr
Para desligar de forma permanente este som de aviso é necessário adicionar a linha seguinte ao ficheiro /etc/modprobe.d/blacklist
blacklist pcspkr
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eu usava setterm -bfreq 0 pra console, mas esse faz descarregar/deletar o modulo no geral.
valeu pela dica, parabens pelo trabalho.